ตามกฎกระทรวง เรื่อง การแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. ๒๕๖๐ ข้อ ๒๑ สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

(๑) จัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ
(๒) ดำเนินการและให้บริการด้านการแพทย์และการสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอ
(๓) กำกับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสาธารณสุข ในเขตพื้นที่อำเภอ เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎหมาย มีการบริการสุขภาพที่มีคุณภาพและ มีการคุ้มครองผู้บริโภคด้านสุขภาพ
(๔) ส่งเสริม สนับสนุน และประสานงานเกี่ยวกับงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอ ให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวง หน้า ๑๓ เล่ม ๑๓๔ ตอนที่ ๖๔ ก ราชกิจจานุเบกษา ๑๔ มิถุนายน ๒๕๖๐
(๕) พัฒนาระบบสารสนเทศ งานสุขศึกษา และการสื่อสารสาธารณะด้านสุขภาพ ในเขตพื้นที่อำเภอ
(๖) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย